Periodo greco-romano   

Le prime notizie riguardanti la fondazione di S. Marco risalgono al tempo dei Sicani.
Dionisio di Alicarnasso, storico greco vissuto a Roma ( 30 a.C.), racconta che, dopo la distruzione di Troia, i profughi scappano e fanno rotta verso l'occidente. Fugge anche Enea e, raggiunti i compagni, che lo aspettano in Epiro, salpa con essi. Come guida, per attraversare il mar Ionio che, per scogli e isolotti, presenta difficoltà, si offre un nocchiero greco del luogo, l'Arcanone Patron da Thuri e insieme a molti suoi compagni guida l'eroe troiano fin sulle coste della Sicilia.Qui giunti, alcuni di essi ritornano in patria, Patron, invece, con pochi altri amici si ferma e vi si stabilisce. Probabilmente gli Aluntini, inventano questa leggenda per annoverare fra i loro antenati Enea. Antonino Meli nella "Istoria antica e moderna della città di S. Marco" porta la testimoninianza di Giorgio Gualtieri ,secondo cui S. Marco è costruita sulle rovine di Haluntium.
S. Marco è ellenizzato verso il IV sec. a.C. da popoli provenienti dalla Grecia. Durante questo periodo la citta' prende il nome di Alontion, batte moneta, è cinta da mura di cui oggi è riconoscibile qualche breve tratto nei pressi della Porta S. Antonio.
In breve tempo S. Marco si arricchisce di opere d'arte, chiese e templi. Il più importante è il tempio Héracles, tempio di Ercole, successivamente trasformato in chiesa cristiana. Nel 1978 é stato scoperto un altro piccolo tempio sul pianoro di Piano Cuppa.
Un'ulteriore testimonianza della cultura greca sono i pregevoli vasi d'argento a rilievo, di cui ne fece un'accurata collezione Verre.
Gli scavi archeologici hanno messo in luce necropoli in contrada S. Marina e Piazza Gebbia e cisterne accanto al palazzo Crimaldi. Di recente sono state portate alla luce altre cisterne, nei pressi della Chiesa di S. Teodoro e un pavimento ancora da datare.
Durante la dominazione romana, S. Marco prende il nome di Haluntium, è città "decumana", e in seguito, in età augustea, diviene "Municipium Aluntinorum". Ne dà testimonianza Giorgio Gualteri che, girando il Regno nell'anno 1624, raccoglie delle lapidi, due delle quali conservano la scritta "Municipium Aluntinorum", così come altre due dedicate ad Augusto e Livia. Nel periodo di Cicerone, Alunzio subisce le angherie di Verre che si impadronisce del tesoro aluntino. Cicerone racconta che in questo periodo a S. Marco vive un uomo, Arcagato, rappresentante cittadino, noto in tutta la Sicilia, che è costretto da Verre a portargli tutti i tesori di S. Marco. Cicerone aggiunge che Verre fa armare una flotta contro i pirati. Le navi sono preparate in varie città costiere della Sicilia. Il navarca Filarco è a capo della nave Aluntina, mentre Cleomene comanda la flotta. Di fronte ai pirati Cleomene fugge; alcune navi, quelle più lente, tra le quali quella di Haluntium, vengono incendiate. Filarco è uno dei pochissimi a salvarsi mediante un riscatto.

Periodo normanno

Alunzio è tra le prime località occupate dai Normanni che gli danno il nuovo nome di S. Marco. I Normanni, guidati da Roberto il Guiscardo, costruiscono un castello ben fortificato all'interno dell'abitato già esistente. A partire dal 1081 S. Marco passa sotto il dominio di Ruggero.
Da alcuni documenti scritti risulta evidente che i sovrani normanni dimorano due volte a S. Marco. Una prima volta la regina Adelasia, nel 1101, assieme ai suoi due figli, Ruggero e Simone . Quest'ultimo, ammalato, resta per lungo tempo nel monastero di S. Filippo di Fragalà, in seguito alla sua guarigione, la regina dona al monastero 5 villani. La seconda permanenza avviene nel 1109. Lo conferma una pergamena ,firmata da Ruggero, in cui questi ordina al visconte Notar Leone di definire i confini del monastero di S. Barbara.
Sotto i Normanni, S.Marco non viene dato in feudo ma resta dipendente dal Regio Demanio.

Dal periodo svevo ai Filangeri

Del periodo svevo non si hanno notizie certe.
Con l'avvento degli Aragonesi S.Marco diviene un feudo. In seguito alla confisca dei beni a Federico d'Aragona, il re Martino di Sicilia concede nel 1398 S. Marco ad Abbo Filangieri, la cui dinastia inizia con Ruggero e termina con Giuseppe Antonio nel 1507, quando il feudo passa a Ottavio Lanza. I Lanza restano alla guida di S. Marco fino al 1572. Alla morte di questi, non avendo eredi diretti, il feudo ritorna ai Filangeri, il cui dominio si protrae fino al 1804.